Né le 18 octobre 1662 à Broad Oak, Matthew a pour père Philip Henry qui vient d'être expulsé à la suite de la proclamation de l'acte d'Uniformité de 1662. Malgré tout, possédant des moyens, Philip Henry inculque une bonne éducation à son fils.
En 1687, Matthew Henry devient le pasteur presbytérien de la congrégation de Chester. En 1712, il quitte cette congrégation pour celle de Mare Street à Hackney. Deux ans plus tard, le 22 juin 1714, il meurt soudainement d'une attaque d'apoplexie à Nantwich lors d'un voyage entre Chester et Londres.

Matthew Henry est connu pour ses commentaires sur l'Ancien et le Nouveau Testament,publé entre 1708 et 1710.Ses commentaires sont très célèbres.

D'autres écrits furent publiés que plus tard entre 1809 et 1830.