C'est en 1606 qu'un dissident puritain du nom de John Smyth, diplomé en Théologie à Cambridge et prédicateur anglican dans la ville de Lincoln, s'associe à une congrégation séparatiste de Gainsborough.
John Smyth devint ministre de cette congrégation qui prit une telle ampleur qu'elle se divisa en deux pour plus de facilité et pour éviter les persécutions. Un de ces groupes resta à Gainsborough sous la direction de John Smyth et Thomas Helwys, un avocat au Gray's inn de Londres.

Après l'arrestation de la femme de Thomas Helwys, Joan, les deux groupes émigrèrent en Hollande, un à Leyden et l'autre, celui de John Smyth,un groupe de quatre vingt personnes, à Amsterdam.

John Smyth s'éloigna progressivement des autres dissidents,notamment sur la question du baptême. John Smyth insista sur le fait que l'église anglicane continuait à donner les sacrements aux pécheurs connus.

C'est entre fin 1608 et début 1609 que John Smyth fit une démarche décisif. Il fit dissoudre sa congrégation et batit une église sur le baptême des croyants. La première église baptiste était née.

Toutefois, en s'auto-baptisant, John Smyth fut troublé par ce geste et décida de faire machine arrière et demanda à son église de rejoindre l'église mennonites.

Toutefois, plusieurs,comme Thomas Helwys, William Piggot,Thomas Seamer et John Murton refusèrent de suivre John Smyth et restèrent fidèles à leur engagement.

En 1611, Thomas Helwys et son église retournèrent en Angleterre et s'instalèrent Spitalfields, à proximité de Londres.

POUR PLUS D'INFOS

En 1616, Henry Jacob , un semi-séparatiste, fonda une communauté congrégationaliste dans le quartier de Southwark à Londres. Elle était composé de séparatistes et semi-séparatistes.

John Lathrop puis  Henry Jessey succédèrent à Henry Jacob.

Pour cause d'incompréhension en ce qui concerne la question du baptême des enfants, un groupe dirigé par Mr Dupper quitta la communauté en 1630 et fonda une congrégation hostile au pédobaptisme et indépendante de l'église anglicane.

Dans l'église de Southwark, le débat sur le baptême anglican continuait d'abord sur le manque de crédibilité d'un baptême administré par une église d'Etat persécutant la vraie église et puis sur le fait que les enfants n'étaient pas capables de croire et de se repentir.

En 1633, un groupe dirigé par Samuel Eaton s'en alla et fonda une autre congrégation près de Londres.
Six autres personnes rejoignirent en 1638 le groupe  de Eaton dirigé par Spilsbury, Samuel Eaton étant en prison pour ses convictions religieuses.

C'est dans cette communauté qu'arriva William Kiffin en 1637.

Si le cheminement vers le baptême des adultes passa par l'étape du lien avec les mennonites de Hollande par la mission de Richard Blunt, un groupe comme celui de Spilsbury décida d'adopter simplement l'immersion en vertu de l'autorité de la Bible.

En 1644, il y avait sept églises réformées baptistes. Ils publièrent alors une première confession de foi présenté au parlement à majorité presbytérienne.

Parmi les signataires, on retrouve William Kiffin, Spilsbury et Knollys.

En 1677, une nouvelle confession de foi plus complête fut rédigé mais les persécutions empêchèrent l'avalisation du texte par les églises réformées baptistes.

Avec l'Acte de tolérance en 1689,  des représentants de plus de  cent églises réformées baptistes se rencontrèrent à Londres du 3 au 11 juillet 1689 pour discuter  et avaliser le document de 1677.